(1) Централната администрация на агенцията се състои от:
- 1. дирекция “Вътрешен одит”;
- 2. дирекция “Международна дейност и протокол”;
- 3. дирекция “Пресцентър и обществена информация”. 4. дирекция “Правна и управление на собствеността”; 5. дирекция “Финанси и разплащания по проекти”; 6. дирекция “Бюджет и планиране на развитието на пътната инфраструктура”; 7. дирекция “Координация на кредитни и бюджетни инвестиции”; 8. дирекция “Инвестиционно проектиране, технически норми и правила”; 9. дирекция “Експлоатация и поддържане на републиканската пътна мрежа”; 10. дирекция “Изпълнение на проекти по Оперативна програма “Регионално развитие” и Програма ФАР на Европейския съюз”; 11. дирекция “Изпълнение на проекти по Оперативна програма “Транспорт” и Кохезионния фонд”; 12. дирекция “Обществени поръчки”; 13. дирекция “Концесии”. 14. дирекция “Оперативен контрол и управление на риска”.
(2) Специализираната администрация е организирана в Главна дирекция “Административно-информационно обслужване и координация”, в която са включени отдели и специализираните звена по чл. 21, ал. 2 от Закона за пътищата.