(1)(Изм. - ДВ, бр. 66 от 2018 г., в сила от 10.08.2018 г., изм. - ДВ, бр. 92 от 2019 г., в сила от 22.11.2019 г.) Агенцията е структурирана в звено "Вътрешен одит", служител по сигурността на информацията, финансов контрольор, две дирекции на общата администрация и три дирекции на специализираната администрация.
(2) Разпределението на числеността на персонала в агенцията е посочено в приложението.