(1) Структурните звена в Агенцията си взаимодействат при изпълнение на задачи, които са от компетентността на повече от едно структурно звено, съобразно функционалната си компетентност.
(2) За повишаване на качеството и усъвършенстване на контролната дейност на Агенцията се осигурява гъвкаво разпределение на човешки ресурси, като със заповед на изпълнителния директор се определят комисии за извършване на проверки от служители на различни дирекции.