Дирекциите в ДАТО са:
- 1. дирекция "Координация, информационно обслужване и международна дейност";
- 2. дирекция "Човешки ресурси";
- 3. дирекция "Правно-нормативно обслужване";
- 4. дирекция "Планиране и управление на финансите";
- 5. дирекция "Управление на собствеността";
- 6.(отм. - ДВ, бр. 57 от 2020 г., в сила от 26.06.2020 г.)
- 7. дирекция "Вътрешна сигурност";
- 8.(отм. - ДВ, бр. 79 от 2022 г., в сила от 04.10.2022 г.)
- 9.(изм. - ДВ, бр. 57 от 2020 г., в сила от 26.06.2020 г.) дирекции и териториални дирекции, които осигуряват и прилагат СРС, определени съгласно приложение № 2 (секретно).