(1)(Изм. - ДВ, бр. 58 от 2020 г., в сила от 01.07.2020 г.) Военномедицинската академия се ръководи от началник, който се подпомага от заместник-началник по диагностично-лечебната дейност, заместник-началник по учебно-научната дейност и заместник-началник по войсковото медицинско осигуряване.
(2) Началникът на ВМА е и главен лекар на въоръжените сили на Република България, а заместник-началниците са и заместник главни лекари на Въоръжените сили на Република България.
(3) Началникът и заместник-началниците на ВМА са хабилитирани лица, лекари с призната специалност - военнослужещи, които се назначават и освобождават от длъжност по реда на ЗОВСРБ.
(4) За началник на ВМА се назначава лице, което е:
- 1. хабилитирано в професионално направление "Медицина";
- 2. завършило стратегически курс във Военната академия "Г. С. Раковски" или приравнени на него курсове в чужбина;
- 3. с квалификация по здравен мениджмънт.
(5) За заместник-началници на ВМА по предложение на началника на ВМА се назначават лица, които са:
- 1. хабилитирани в професионално направление "Медицина";
- 2. с квалификация по здравен мениджмънт.
(6) Заместник-началникът на ВМА по диагностично-лечебната дейност се назначава и освобождава от длъжност от министъра на отбраната по предложение на началника на ВМА, съгласувано с министъра на здравеопазването.
(7)(Изм. - ДВ, бр. 58 от 2020 г., в сила от 01.07.2020 г.) Заместник-началникът на ВМА по учебно-научната дейност и заместник-началникът на ВМА по войсковото медицинско осигуряване се назначават и освобождават от длъжност от министъра на отбраната по предложение на началника на ВМА.