(1) Началникът на ВМА е пряко подчинен на министъра на отбраната.
(2) Началникът на ВМА е пряк началник на целия личен състав на академията.
(3) Началникът на ВМА:
- 1. представлява ВМА;
- 2. непосредствено ръководи и отговаря за дейността на ВМА;
- 3. разработва основни направления за развитието и ресурсното осигуряване на диагностично-лечебните и профилактичните дейности във ВМА в съответствие със съвременните стандарти в извънболничната и болничната медицинска помощ, изискванията на провеждащия се в нея учебно-научен процес и пазара на здравни услуги;
- 4. съставя програма за развитие на ВМА;
- 5. ръководи дейностите във ВМА, свързани с процесите на планиране, програмиране и бюджетиране;
- 6. предлага на министъра на отбраната за утвърждаване длъжностното разписание на ВМА;
- 7. организира и контролира войсковото медицинско осигуряване във въоръжените сили;
- 8. организира медицинското осигуряване на българските военнослужещи от Въоръжените сили на Република България, участващи в мисии и операции извън територията на страната;
- 9. назначава или предлага за назначаване, преназначаване, повишаване във военно звание, освобождаване от длъжност и освобождаване от военна служба военнослужещите от ВМА по установения ред;
- 10. сключва, изменя и прекратява трудовите договори с цивилните служители от ВМА, с изключение на звената по чл. 3, ал. 3, т. 2, букви "б" - "ж" и т. 4, буква "б";
- 11. утвърждава длъжностните характеристики на личния състав на ВМА, както следва: а) на военнослужещите, с изключение на заместник-началниците на ВМА; б) на цивилните служители, с изключение на тези от структурните звена по чл. 3, ал. 3, т. 2, букви "б" - "ж" и т. 4, буква "б";
- 12. сключва, изменя и прекратява трудовите договори и утвърждава длъжностните характеристики на управителите на болниците по чл. 3, ал. 3, т. 2, букви "е" и "ж";
- 13. организира подготовката, придобиването и повишаването на квалификацията и преквалификацията на човешките ресурси във ВМА;
- 14. издава заповеди, разпореждания и други актове, осигуряващи изпълнението на задачите, включени в предмета на дейност на ВМА;
- 15. предоставя при поискване информация за медицинските дейности и разходваните ресурси и анализ на дейността на академията по ред, определен от министъра на отбраната и министъра на здравеопазването;
- 16. сключва договори с физически и юридически лица за изпълнение на задачи, включени в предмета на дейност на ВМА;
- 17. ръководи военномедицинския съвет на ВМА;
- 18. координира и контролира взаимодействието по медицинското осигуряване на въоръжените сили;
- 19. ръководи и организира взаимодействието с лечебни и здравни заведения, министерства, ведомства и организации в Република България и чужбина съобразно функционалната си компетентност;
- 20. ръководи научното сътрудничество с висши училища, научни учреждения и организации в Република България и в чужбина съобразно функционалната си компетентност;
- 21. представлява Военномедицинската академия пред Съвета на ректорите на висшите училища в Република България;
- 22. отговаря за стопанисването и управлението на недвижимите имоти и движимите вещи, предоставени в управление на ВМА;
- 23. по право е член на академичния съвет и негов председател;
- 24. обявява със заповед решенията на академичния съвет за избор на началници на катедри и началниците на клиники;
- 25. изпълнява и други функции, произтичащи от законите и другите нормативни актове.
(4) Началникът на ВМА е и началник на Многопрофилна болница за активно лечение - София (МБАЛ - София).
(5) Функциите на началника на ВМА в негово отсъствие се изпълняват от определен с писмена заповед за всеки конкретен случай заместник-началник.