Специализираната администрация е организирана в дирекции, както следва:
- 1. дирекция "Противодействие на корупцията";
- 2. дирекция "Превенция на корупцията";
- 3.(изм. - ДВ, бр. 89 от 2018 г., в сила от 26.10.2018 г.) дирекция "Публичен регистър";
- 4.(нова - ДВ, бр. 89 от 2018 г., в сила от 26.10.2018 г.) дирекция "Конфликт на интереси";
- 5.(предишна т. 4 - ДВ, бр. 89 от 2018 г., в сила от 26.10.2018 г.) дирекция "Координация и контрол";
- 6.(предишна т. 5 - ДВ, бр. 89 от 2018 г., в сила от 26.10.2018 г.) дирекция "Управление на обезпеченото имущество";
- 7.(предишна т. 6 - ДВ, бр. 89 от 2018 г., в сила от 26.10.2018 г.) пет териториални дирекции.