Центърът осъществява функции на:
- 1. специализиран орган на МЗ в областта на профилактиката, поликлиничната, лечебно-диагностичната и рехабилитационната дейност по проблемите на спортната медицина;
- 2. методичен ръководител на всички спортно-медицински звена и медицински специалисти в спортните организации, федерации, съюзи, клубове и лечебно-профилактичната мрежа по въпросите на спортната медицина;
- 3. експертен, координиращ и контролен орган на МЗ в областта на спортната медицина.