Структурата на центъра обхваща следните отделения, лаборатория и служби:
- 1. отделение по спортна травматология и ортопедия;
- 2. поликлинично отделение;
- 3. отделение - физиотерапия и рехабилитация;
- 4. отделение - патофизиология и функционална диагностика;
- 5. спортно-медицинско отделение;
- 6. отделение - лечебна физкултура и спорт за всички;
- 7. лаборатория - клинични и биохимични изследвания;
- 8. административно-икономическа служба.