(1)(Изм. - ДВ, бр. 39 от 2018 г., в сила от 11.05.2018 г., изм. и доп. - ДВ, бр. 54 от 2020 г., в сила от 16.06.2020 г.) Агенцията е структурирана в обща и специализирана администрация, служител по сигурността на информацията, финансов контрольор и служител по мрежова и информационна сигурност.
(2) Числеността на административните звена в Агенцията е посочена в приложението.