(1) Финансовият контрольор е на пряко подчинение на изпълнителния директор.
(2) Финансовият контрольор осъществява предварителен контрол за законосъобразност съгласно Закона за финансовото управление и контрола в публичния сектор и методологията на министъра на финансите.
(3) Финансовият контрольор извършва необходимите проверки и изразява мнение за законосъобразност преди вземане на решение, свързано с финансовата дейност на Агенцията. Редът и начинът за извършване на предварителен контрол от финансовия контрольор се определят с вътрешни актове на изпълнителния директор.