Центърът се финансира от:
- 1.(изм. - ДВ, бр. 51 от 2020 г.) държавния бюджет;
- 2. приходи от дейности, свързани с производството на кръвни съставки и биопрепарати;
- 3. дарителска дейност на местни и чуждестранни физически и юридически лица;
- 4. други източници.