При изпълнение на дейността си центърът спазва следните принципи:
- 1. законосъобразност и ефективност;
- 2. прозрачност на вътрешните правила и процедури;
- 3. последователност и обективност в процеса на вземане на решения;
- 4. отговорност и отчетност;
- 5. равно третиране и недопускане на дискриминация;
- 6. разделяне на функциите и недопускане на корупционни практики и конфликт на интереси;
- 7. недопускане на двойно финансиране на проекти от европейски и национални източници на финансиране.