(1)(Предишен текст на чл. 7 - ДВ, бр. 61 от 2016 г.) Центърът се ръководи и представлява от изпълнителен директор, който се назначава от министъра на образованието и науката.
(2)(Нова - ДВ, бр. 61 от 2016 г., изм. - ДВ, бр. 67 от 2021 г.) При изпълнение на своите правомощия изпълнителният директор се подпомага от заместник изпълнителен директор. Заместник изпълнителният директор се назначава от изпълнителния директор по предложение на министъра на младежта и спорта.
(3)(Нова - ДВ, бр. 67 от 2021 г.) Административното ръководство на центъра се осъществява от главен секретар, който координира и контролира административните звена за точното спазване на нормативните актове и на законните разпореждания на изпълнителния директор.