(1) Агенцията се ръководи и представлява от изпълнителен директор, който е орган на изпълнителната власт.
(2) Трудовият договор с изпълнителния директор се сключва, изменя се и се прекратява от министъра на здравеопазването съгласувано с министър-председателя.