Изпълнителният директор:
- 1. ръководи, координира и контролира цялостната дейност на агенцията;
- 2. представлява агенцията и организира международните и връзки и сътрудничество;
- 3. сключва договори, свързани с осъществяване дейността на агенцията;
- 4. изпълнява функциите на възложител на обществени поръчки;
- 5. утвърждава длъжностното разписание на агенцията, вътрешни правила и процедури за работата на агенцията;
- 6. утвърждава образци на заявления, удостоверения, протоколи и други документи, свързани с осъществяване на дейността на агенцията;
- 7. назначава държавните служители в агенцията, изменя и прекратява служебните им правоотношения;
- 8. сключва, изменя и прекратява трудовите договори с лицата, работещи по трудово правоотношение в агенцията;
- 9. командирова работещите в агенцията;
- 10. носи отговорност за управлението на финансовите средства и за законосъобразното и целесъобразното им разходване;
- 11. представя на министъра на здравеопазването периодични и годишни отчети за изпълнението на бюджета на агенцията;
- 12. изготвя и представя на министъра на здравеопазването ежегоден доклад за дейността на агенцията;
- 13. издава индивидуални административни актове в кръга на своята компетентност;
- 14. налага принудителни административни мерки и издава наказателни постановления в случаите, предвидени със закон;
- 15. издава заповеди за определяне на комисии за осъществяване на контролната дейност на агенцията;
- 16. утвърждава план за извършване на проверки;
- 17. участва в международни инициативи, програми и проекти в областта на качеството и медицинския контрол, донорството и трансплантацията;
- 18. ръководи и отговаря за разглеждането на предложения и сигнали по реда на глава осма от Административнопроцесуалния кодекс;
- 19. при необходимост създава комисии и работни групи със съвещателен характер, които изготвят становища в областта на медицинското обслужване, донорството и трансплантацията и участват с експертни становища в извършваните проверки на лечебни заведения;
- 20. осъществява и други дейности по управлението на агенцията, възложени му с нормативен акт или от министъра на здравеопазването.