(Нов - ДВ, бр. 101 от 2009 г., в сила от 18.12.2009 г., изм. - ДВ, бр. 44 от 2015 г., в сила от 16.06.2015 г.) Специализираната административна дирекция "Финансово-стопанска и управление на собствеността" подпомага председателя на агенцията в изпълнението на правомощията му като първостепенен разпоредител с бюджет, като осъществява следните дейности:
- 1. организира съставянето, обосноваването и предлага проект на годишния програмен бюджет и на тригодишната бюджетна прогноза на агенцията;
- 2. изгражда система за финансов мениджмънт в агенцията;
- 3. организира и контролира изпълнението на годишния бюджет;
- 4. осъществява всички банкови разплащания и организира всички касови разплащания;
- 5. предлага на председателя на агенцията реда, по който се планират, определят, разходват и отчитат финансовите средства за оперативно-специални нужди, предназначени за осъществяване функциите на агенцията;
- 6. организира и създава съвместно със звеното за вътрешен одит система за финансово управление и контрол;
- 7. организира и управлява вътрешните финансови дейности и единната счетоводна отчетност в агенцията;
- 8. координира планирането, разработва, предлага за утвърждаване от председателя и изпълнява годишен финансов план за материално-техническо осигуряване на агенцията, включително с дълготрайни материални и нематериални активи и материални запаси, единен поименен списък за строителство и строителни услуги и инвестиционни проекти за капиталови разходи;
- 9. организира и контролира извършването на ремонтната дейност и поддръжката на сградния фонд, машините и съоръженията, изграждането на нови обекти, доставката на машини и съоръжения и цялостното техническо обслужване на транспортните средства на агенцията;
- 10. организира и осъществява материално-техническото снабдяване на агенцията с машини и съоръжения, техника, инвентар, обзавеждане, резервни части, консумативи, материали и горива;
- 11. организира и отговаря за дейността по управление на недвижими имоти - държавна собственост, предоставени на агенцията;
- 12. организира и отговаря за дейностите по материалното и финансовото осигуряване на оперативно-издирвателната и оперативно-техническата дейност;
- 13. организира, изпълнява и отговаря за дейността по възлагане на обществените поръчки на агенцията.