(1)(Изм. - ДВ, бр. 108 от 2013 г., в сила от 17.12.2013 г., изм. - ДВ, бр. 44 от 2015 г., в сила от 16.06.2015 г., изм. - ДВ, бр. 82 от 2026 г., в сила от 08.09.2026 г.) Агенцията се ръководи и представлява от председател, който се избира с решение на Народното събрание по предложение на Министерския съвет.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 108 от 2013 г., в сила от 17.12.2013 г., изм. - ДВ, бр. 44 от 2015 г., в сила от 16.06.2015 г., изм. - ДВ, бр. 82 от 2026 г., в сила от 08.09.2026 г.) При изпълнение на своите функции председателят се подпомага от трима заместник-председатели, които се определят с решение на Министерския съвет по предложение на председателя на агенцията.
(3) Правоотношенията с председателя и със заместник-председателите могат да бъдат прекратени предсрочно от органа, който ги назначава, в случаите по чл. 8, ал. 4 ЗДАНС.