Специализираната администрация е организирана във:
- 1. дирекция "Оперативно наблюдение и поддръжка на системи";
- 2. Главна дирекция "Експлоатация".
- 3.(отм. - ДВ, бр. 31 от 2025 г., в сила от 11.04.2025 г.)