При осъществяване на дейността си Дирекция АФКОС:
(Изм. - ДВ, бр. 5 от 2010 г., изм. - ДВ, бр. 90 от 2010 г., в сила от 16.11.2010 г., изм. - ДВ, бр. 7 от 2011 г., изм. - ДВ, бр. 6 от 2012 г.) При осъществяване на дейността си Дирекция АФКОС:
- 1. извършва административни проверки и контрол относно прилагането на процедурата за администриране на получените сигнали и установени нередности в административните структури, отговарящи за управлението и/или контрола на средствата от ЕС, включително изпълнението на задълженията на съответните отговорни лица;
- 2. извършва проверки относно спазването на други допълнителни изисквания съгласно разпоредбите на Постановление № 18 на Министерския съвет от 2003 г.;
- 3.(нова - ДВ, бр. 6 от 2012 г.) инициира проверки съгласно компетентността на органите, администриращи европейски фондове, инструменти и програми, като при необходимост служители на дирекцията присъстват при извършване на проверките;
- 4.(предишна т. 3, изм. - ДВ, бр. 6 от 2012 г.) анализира резултатите от административните проверки по т. 1 - 3.