(1)(Изм. - ДВ, бр. 5 от 2010 г., изм. - ДВ, бр. 90 от 2010 г., в сила от 16.11.2010 г., изм. - ДВ, бр. 7 от 2011 г., изм. - ДВ, бр. 6 от 2012 г.) При осъществяване на административно-контролните си функции дирекция АФКОС извършва първоначални и последващи документални проверки.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 5 от 2010 г., изм. - ДВ, бр. 90 от 2010 г., в сила от 16.11.2010 г., изм. - ДВ, бр. 7 от 2011 г., изм. - ДВ, бр. 6 от 2012 г.) Първоначалните проверки се извършват във всички структури, администриращи европейски фондове, инструменти и програми. Проверките се извършват от служители на дирекция АФКОС след писмено уведомление до проверяваната административна структура от директора на дирекцията. В писменото уведомление се посочват целите, срокът, обхватът, мястото на проверката, името и длъжността на лицата, които следва да извършват проверката.
(3) При необходимост в проверките могат да участват външни експерти.