Специализираната администрация е организирана във:
- 1. дирекция "Оценка на риска по хранителната верига";
- 2. дирекция "Комуникация на риска, обучение и Контактен център";
- 3. дирекция "Продукти за растителна защита, активни вещества, антидоти и синергисти".