(1)(Изм. - ДВ, бр. 20 от 2020 г., в сила от 01.04.2020 г.) Центърът се ръководи и представлява от директор, който се назначава от министър-председателя по предложение на министъра на земеделието, храните и горите.
(2) За директор на Центъра се назначава хабилитирано лице с най-малко 10 години професионален опит в областта на безопасността по хранителната верига.