(1) При осъществяване на правомощията си директорът на Центъра се подпомага от заместник-директор.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 20 от 2020 г., в сила от 01.04.2020 г.) Заместник-директорът на Центъра се назначава от министъра на земеделието, храните и горите по предложение на директора на Центъра. За заместник-директор се назначава лице с най-малко 8 години с професионален опит в областта на безопасността по хранителната верига.
(3) Директорът на Центъра делегира със заповед правомощия на заместник-директора и определя правомощията му.
(4) Функциите на директора на Центъра в негово отсъствие от страната или когато ползва законоустановен отпуск, се изпълняват от заместник-директора със заповед за всеки конкретен случай.