Полифизиографското изследване включва следните етапи:
- 1. анализ на наличната информация за всеки конкретен случай;
- 2. предтестово интервю, избор на тестови формат и формулиране на въпроси, свързани с изследваните теми;
- 3. инструментална част, която включва провеждане на тест с полифизиограф и запис на реакциите на изследваното лице на полиграми;
- 4. оценка на полиграмите;
- 5. следтестово интервю, в случаите: а) когато има индикация за лъжа и/или липса на индикация за лъжа/истина на полифизиографското изследване; б) когато се налага да бъдат обсъдени проблемните теми; в) когато се налага да бъдат направени допълнителни тестове; г) по заявка на заявителя, в зависимост от спецификата на случая.