Специализираната администрация е организирана в 9 дирекции:
- 1. дирекция "Икономическа политика";
- 2. дирекция "Инвестиционна политика и стратегически проекти";
- 3. дирекция "Публични предприятия";
- 4. дирекция "Международно контролирана търговия и сигурност";
- 5. дирекция "Европейски въпроси и законодателство на ЕС за стоки и услуги";
- 6. дирекция "Политика за потребителите";
- 7. дирекция "Външноикономическа и търговска политика";
- 8. дирекция "Двустранно външноикономическо сътрудничество";
- 9. дирекция "Администриране и контрол на икономически дейности".