(1)(Изм. - ДВ, бр. 31 от 2010 г., в сила от 20.05.2010 г., изм. - ДВ, бр. 55 от 2012 г., в сила от 20.07.2012 г., изм. - ДВ, бр. 110 от 2013 г., в сила от 21.12.2013 г., доп. - ДВ, бр. 36 от 2019 г., в сила от 03.05.2019 г., изм. - ДВ, бр. 17 от 2022 г., в сила от 01.03.2022 г.) Структурата на агенцията включва длъжностно лице по защита на данните, служител по сигурността на информацията, финансов контрольор, обща администрация, организирана в три дирекции, специализирана администрация, организирана в три дирекции, и териториални поделения.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 110 от 2013 г., в сила от 21.12.2013 г.) Териториалните поделения на агенцията са:
- 1. Транзитен център - с. Пъстрогор, община Свиленград;
- 2. Регистрационно-приемателен център - София;
- 3. Регистрационно-приемателен център - с. Баня, община Нова Загора;
- 4. Регистрационно-приемателен център - Харманли;
- 5.(отм. - ДВ, бр. 78 от 2014 г., в сила от 04.10.2014 г.)
(3)(Нова - ДВ, бр. 70 от 2016 г., в сила от 09.09.2016 г.) Териториалните поделения по ал. 2 могат да бъдат от отворен или от затворен тип, като към териториалните поделения от отворен тип могат да се създават отделни обособени помещения за настаняване на непридружени малолетни и непълнолетни чужденци, търсещи международна закрила, както и отделни обособени помещения от затворен тип.
(4)(Изм. - ДВ, бр. 48 от 2008 г., в сила от 23.05.2008 г., изм. - ДВ, бр. 58 от 2008 г., в сила от 27.06.2008 г., изм. - ДВ, бр. 31 от 2010 г., в сила от 20.05.2010 г., изм. - ДВ, бр. 90 от 2013 г., в сила от 15.10.2013 г., изм. - ДВ, бр. 110 от 2013 г., в сила от 21.12.2013 г., изм. - ДВ, бр. 36 от 2014 г., изм. - ДВ, бр. 75 от 2015 г., предишна ал. 3 - ДВ, бр. 70 от 2016 г., в сила от 09.09.2016 г., изм. - ДВ, бр. 41 от 2018 г., изм. - ДВ, бр. 96 от 2024 г.) Общата численост на персонала на агенцията е посочена в приложението.
(5)(Предишна ал. 4 - ДВ, бр. 70 от 2016 г., в сила от 09.09.2016 г.) Числеността на отделните административни звена и на териториалните поделения е посочена в приложението.
(6)(Предишна ал. 5 - ДВ, бр. 70 от 2016 г., в сила от 09.09.2016 г.) Председателят утвърждава структурата на дирекциите, създава, преобразува и закрива отдели, а при необходимост - и сектори към отделите, като определя и техните функции.