(1)(Изм. - ДВ, бр. 36 от 2019 г., в сила от 03.05.2019 г.) Главният секретар осъществява административното ръководство на агенцията, като координира и контролира дейността на администрацията за точно спазване на нормативните актове и законните разпореждания на председателя и отговаря за планирането и отчетността при изпълнението на ежегодните цели на администрацията.
(2) Главният секретар се назначава от председателя.