(Нов - ДВ, бр. 24 от 2004 г., в сила от 01.12.2004 г., обявен за противоконституционен с РКС № 5 от 2005 г. - ДВ, бр. 45 от 2005 г.) Органи на Национална компания "Пристанища" са:
- 1. министърът на транспорта и съобщенията;
- 2. управителният съвет;
- 3. генералният директор.