(Нов - ДВ, бр. 104 от 2005 г., в сила от 27.12.2005 г.) Органи на управление на Държавно предприятие "Пристанищна инфраструктура" са:
- 1.(изм. - ДВ, бр. 81 от 2009 г., изм. - ДВ, бр. 106 от 2023 г.) министърът на транспорта и съобщенията;
- 2. управителният съвет;
- 3. генералният директор.