(1) Административното ръководство на агенцията се осъществява от главен секретар.
(2) Главният секретар:
- 1. ръководи, координира и контролира функционирането на агенцията в изпълнение на законните разпореждания на изпълнителния директор;
- 2. осигурява организационната връзка между изпълнителния директор и административните звена;
- 3. отговаря за планирането и отчетността при изпълнение на ежегодните цели на администрацията;
- 4. координира оперативното изпълнение на съвместните задачи, възложени на общата и специализираната администрация;
- 5. утвърждава длъжностните характеристики на служителите;
- 6. организира пропускателния режим и охраната на предоставените за стопанисване на агенцията сгради, съответно помещения в тях;
- 7. осигурява условия за ефективна работа на всички административни звена на агенцията;
- 8. осъществява общ контрол за изпълнението на възложените административни задачи;
- 9. изготвя годишен доклад за състоянието на администрацията и го представя на изпълнителния директор;
- 10. следи за законосъобразната обработка и защита на личните данни съгласно Закона за защита на личните данни;
- 11. изпълнява и други функции, възложени му със заповед от изпълнителния директор.