(1) Агенцията е организирана в обща и специализирана администрация.
(2) Общата численост на персонала на агенцията и нейното разпределение по административни звена са посочени в приложението.
(3)(Изм. - ДВ, бр. 14 от 2012 г., изм. - ДВ, бр. 91 от 2013 г., в сила от 18.10.2013 г., изм. - ДВ, бр. 29 от 2015 г., в сила от 21.04.2015 г.) Общата администрация е организирана в дирекция "Административно-правно обслужване и човешки ресурси" и дирекция "Финансово-стопански дейности и управление на собствеността".
(4)(Доп. - ДВ, бр. 14 от 2012 г., изм. - ДВ, бр. 29 от 2015 г., в сила от 21.04.2015 г., изм. - ДВ, бр. 20 от 2020 г., в сила от 01.04.2020 г.) Специализираната администрация осигурява осъществяването на основните функции на агенцията и е организирана в Главна дирекция "Рибарство и контрол", дирекция "Управление на рибарството и опазване на рибните ресурси".