(Изм. - ДВ, бр. 9 от 2023 г., в сила от 27.01.2023 г.) Специализираната администрация е организирана във:
- 1. Главна дирекция "Гражданска регистрация и административно обслужване";
- 2. Главна дирекция "Стратегическо планиране и програми за регионално развитие";
- 3. дирекция "Управление на териториалното сътрудничество";
- 4. дирекция "Държавна собственост и търговски дружества";
- 5.(изм. - ДВ, бр. 81 от 2026 г.) дирекция "Устройство на територията";
- 6. дирекция "Технически правила и норми";
- 7. дирекция "Водоснабдяване и канализация и благоустройствени дейности";
- 8. дирекция "Жилищна политика".