(1) Агенцията подпомага изпълнителния директор при осъществяването на неговите правомощия и осигурява технически дейността му.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 14 от 2014 г., в сила от 18.02.2014 г.) За осъществяване на дейността на агенцията в районите по чл. 4, ал. 3 от Закона за регионалното развитие се създават териториални звена към Главна дирекция "Координация и управление по енергийна ефективност и възобновяеми източници на енергия".