(1) Агенцията е организирана в обща и специализирана администрация, служител по сигурността на информацията и финансов контрольор.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 14 от 2014 г., в сила от 18.02.2014 г.) Общата администрация се състои от една дирекция, а специализираната администрация - от една дирекция и една главна дирекция.
(3) Общата численост на агенцията и числеността на отделните административни звена в агенцията са посочени в приложението.
(4) Със заповед на изпълнителния директор може да се създават, преобразуват и закриват отдели и сектори в рамките на дирекциите.