(1) Административното ръководство на агенцията се осъществява от главен секретар, който се назначава от изпълнителния директор.
(2) Главният секретар ръководи администрацията на агенцията, като координира и контролира административните звена за точното спазване на нормативните актове и на законните разпореждания на изпълнителния директор, като:
- 1. осигурява организационната връзка между изпълнителния директор на агенцията и административните звена, както и между самите административни звена;
- 2. отговаря за планирането и отчетността при изпълнение на ежегодните цели на администрацията на агенцията;
- 3. отчита се и носи отговорност пред изпълнителния директор за дейността и за изпълнението на задачите на администрацията;
- 4. организира разпределянето на задачите за изпълнение между административните звена на агенцията;
- 5. създава условия за нормална и ефективна работа на звената в агенцията;
- 6. осъществява общия контрол за изпълнението на възложените задачи;
- 7.(изм. - ДВ, бр. 14 от 2014 г., в сила от 18.02.2014 г., изм. - ДВ, бр. 37 от 2015 г., в сила от 22.05.2015 г.) осъществява взаимодействие с главния секретар на Министерството на енергетиката;
- 8. утвърждава длъжностните характеристики на служителите в агенцията;
- 9. организира работата с предложенията и сигналите в съответствие с разпоредбите на глава осма от Административнопроцесуалния кодекс;
- 10. ежегодно изготвя доклад за състоянието на административната дейност в агенцията;
- 11. изпълнява други задачи, възложени му от изпълнителния директор на агенцията.