(1)(Изм. - ДВ, бр. 79 от 2008 г.) Според разпределението на дейностите, които извършва, институтът е структуриран в 9 отдела, обособени в обща и специализирана администрация.
(2) Общата администрация е организирана във:
- 1. отдел "Финанси и счетоводство";
- 2. отдел "Административно-стопанска дейност".
(3) Специализираната администрация е организирана във:
- 1.(изм. и доп. - ДВ, бр. 79 от 2008 г.) отдел "Селекция и семепроизводство" с три сектора: сектор "Опитно поле Марково"; сектор "Опитно поле Козарско"; сектор "Опитно поле Бяла Слатина".
- 2. отдел "Агротехника и растителна защита";
- 3. отдел "Сушене и промишлена обработка";
- 4. отдел "Технология на тютюневите изделия";
- 5.(отм. - ДВ, бр. 79 от 2008 г.)
- 6. отдел "Химико-технологичен по тютюна и тютюневия дим";
- 7.(отм. - ДВ, бр. 79 от 2008 г.)
- 8. отдел "Опитна станция", гр. Рила;
- 9.(изм. - ДВ, бр. 12 от 2005 г.) отдел "Опитна станция по тютюна", Гоце Делчев;
- 10.(изм. - ДВ, бр. 12 от 2005 г., отм. - ДВ, бр. 79 от 2008 г.)
- 11.(нова - ДВ, бр. 12 от 2005 г., отм. - ДВ, бр. 56 от 2006 г., в сила от 14.07.2006 г.)
- 12.(нова - ДВ, бр. 12 от 2005 г., отм. - ДВ, бр. 56 от 2006 г., в сила от 14.07.2006 г.)
- 13.(нова - ДВ, бр. 12 от 2005 г., отм. - ДВ, бр. 56 от 2006 г., в сила от 14.07.2006 г.)
(4)(Нова - ДВ, бр. 79 от 2008 г.) Финансовият контрольор осъществява финансов контрол върху дейността на ИТТИ, организира въвеждането на система за финансово управление и контрол на изразходването на всички средства по бюджета на ИТТИ, подготвя проекти за вътрешни актове, свързани с усъвършенстването на системата на финансов контрол в ИТТИ.
(5)(Предишна ал. 4 - ДВ, бр. 79 от 2008 г.) Общата численост на персонала в организационните структури и административни звена е посочена в приложението.