Центърът осъществява следните дейности:
- 1. разработва програми за развитието на фитотерапията и други клонове на природната медицина за изучаване, съхраняване и оползотворяване на опита на народната медицина;
- 2. разработва проекти за законови, подзаконови и други нормативни документи в областта на фитотерапията и народната медицина;
- 3. развива съвместно с други компетентни институции научноизследователска дейност за ефектинно използване на билковото богатство и опита на народната медицина;
- 4. организира и контролира съвместно с ръководствата на здравните заведения дейността на кабинетите и заведенията по фитотерапия, апитерапия, хомеопатия, кинезитерапия, остеопатия и други клонове на природната медицина;
- 5. организира и провежда квалификацията на медицинските специалисти по прилагането на методите и средствата на комплементарната медицина;
- 6. организира и провежда квалификацията на билкосъбирачите и билкозаготвителитс;
- 7. извършва оценка на нови методи и средства за профилактика и лечение на базата на растителна, животинска и минерална основа създадени от народната медицина;
- 8. организира и провежда научно-практически конференции от национално и международно значение по проблеми, свързани с предмета на дейност на центъра;
- 9. участва в изпълнението на международни програми, имащи отношение към предметя на неговата дейност.