(1) Ръководството на центъра се осъществява от директор - специалист с висше медицинско образование. Трудовият договор с директора се сключва от министъра на здравеопазването.
(2) Директорът:
- 1. ръководи и отговаря за цялостната дейност на центъра и го представлява пред всички държавни органи, здравни заведения, организации и други физически и юридически лица в страната и в чужбина;
- 2. извършва структурни промени и трансформации на длъжности;
- 3. има функции на работодател по отношение на всички служители в центъра;
- 4. управлява средствата, предоставени от бюджета и извънбюджетни средства.