(1) Административното ръководство на агенцията се осъществява от главен секретар в изпълнение на законните разпореждания на изпълнителния директор.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 48 от 2006 г., в сила от 14.07.2006 г.) Главният секретар се назначава от изпълнителния директор.
(3) Главният секретар:
- 1. осъществява административното ръководство в изпълнение на законните разпореждания на изпълнителния директор;
- 2.(изм. - ДВ, бр. 76 от 2008 г., в сила от 01.09.2008 г.) координира оперативното взаимодействие с администрацията на Министерството на земеделието и храните, с други органи на изпълнителната власт и с неправителствени организации;
- 3. ръководи, координира и контролира функционирането на администрацията за точното спазване на нормативните актове;
- 4.(нова - ДВ, бр. 76 от 2008 г., в сила от 01.09.2008 г.) организира работата с предложенията и сигналите в съответствие с разпоредбите на глава осма от Административнопроцесуалния кодекс;
- 5.(предишна т. 4 - ДВ, бр. 76 от 2008 г., в сила от 01.09.2008 г.) контролира работата с документите на агенцията, тяхното съхраняване и опазването на служебната тайна;
- 6.(предишна т. 5 - ДВ, бр. 76 от 2008 г., в сила от 01.09.2008 г.) изпълнява и други функции, възложени му от изпълнителния директор.
(4) При отсъствие на главния секретар неговите функции се изпълняват от определено от изпълнителния директор с писмена заповед длъжностно лице за всеки конкретен случай.