(1) Дейността на агенцията се извършва от обща и специализирана администрация, организирана в дирекции, които подпомагат изпълнителния директор при осъществяване на правомощията му, осигуряват техническата дейност и административното обслужване на физически и юридически лица.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 87 от 2001 г., в сила от 15.10.2001 г., изм. - ДВ, бр. 82 от 2003 г., изм. - ДВ, бр. 110 от 2004 г., в сила от 17.12.2004 г., изм. - ДВ, бр. 31 от 2005 г., в сила от 01.04.2005 г., изм. - ДВ, бр. 68 от 2008 г., в сила от 01.08.2008 г., изм. - ДВ, бр. 15 от 2010 г., изм. - ДВ, бр. 86 от 2016 г., в сила от 01.12.2016 г.) Общата численост на персонала в организационните структури и административните звена на агенцията е 54 щатни бройки, разпределени съгласно приложението.
(3) Структурата на дирекциите и длъжностното разписание се утвърждават от изпълнителния директор в рамките на утвърдената численост.