(1)(Изм. - ДВ, бр. 5 от 2006 г., в сила от 17.01.2006 г.) Административното ръководство на агенцията се осъществява от главен секретар, назначен от изпълнителния директор.
(2) Главният секретар:
- 1.(изм. - ДВ, бр. 6 от 2013 г.) организира дейността на агенцията, координира и контролира изпълнението на задачите, възложени на общата и на специализираната администрация;
- 2. подготвя ежегодния доклад на изпълнителния директор за дейността на агенцията;
- 3. организира подготовката на проекта на бюджет на администрацията;
- 4.(изм. - ДВ, бр. 6 от 2013 г.) осигурява условия за нормална и ефективна работа в агенцията;
- 5.(нова - ДВ, бр. 110 от 2004 г., в сила от 17.12.2004 г.) утвърждава длъжностните характеристики на работещите в агенцията;
- 6.(нова - ДВ, бр. 7 от 2009 г.) осигурява цялостната организация по провеждане на атестирането на служителите в агенцията;
- 7.(нова - ДВ, бр. 7 от 2009 г.) контролира и отговаря за работата с документите и за съхраняването им;
- 8.(нова - ДВ, бр. 7 от 2009 г.) изпълнява и други задачи, възложени му от изпълнителния директор на агенцията.