(1)(Изм. - ДВ, бр. 54 от 2020 г., в сила от 16.06.2020 г.) Директорите на басейновите дирекции се назначават и освобождават от длъжност от министъра на околната среда и водите. За директор на басейнова дирекция може да бъде назначавано само лице с висше образование, с минимална образователно-квалификационна степен - магистър, след проведен конкурс.
(2)(Изм. и доп. - ДВ, бр. 58 от 2012 г., в сила от 01.08.2012 г.) Служителите в басейновите дирекции се назначават от директора на съответната басейнова дирекция.