(1) Административното ръководство на агенцията се осъществява от главен секретар.
(2) Главният секретар:
- 1. ръководи, координира и контролира функционирането и дейността на административните звена за точното спазване на нормативните актове и на законните разпореждания на изпълнителния директор и отговаря за планирането и отчетността при изпълнението на ежегодните цели на агенцията;
- 2. представлява агенцията в случаите, когато изрично е упълномощен от изпълнителния директор;
- 3. организира разпределението на задачите за изпълнение между административните звена на агенцията;
- 4. създава условия за нормална и ефективна работа на звената в агенцията;
- 5. координира и контролира финансово-стопанската дейност на агенцията;
- 6.(изм. - ДВ, бр. 40 от 2017 г.) координира и контролира дейността по управлението на държавната собственост, предоставена на агенцията;
- 7. контролира и отговаря за работата с документите и за тяхното съхраняване;
- 8. утвърждава длъжностните характеристики на служителите в агенцията;
- 9. осъществява и други дейности, възложени му от изпълнителния директор.