(1) Агенцията се ръководи и представлява от изпълнителен директор.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 49 от 2022 г., в сила от 30.06.2022 г., изм. - ДВ, бр. 71 от 2023 г.) Изпълнителният директор се назначава от министъра на финансите и след съгласуване с министър-председателя, по трудово правоотношение за срок от 5 години.