(1) Изпълнителният директор:
- 1. представлява агенцията в страната и в чужбина;
- 2. ръководи, координира и контролира изпълнението на функциите и задачите на агенцията, както и връзките и с други институции, органи и организации;
- 3.(изм. - ДВ, бр. 6 от 2012 г., в сила от 01.01.2012 г., изм. - ДВ, бр. 40 от 2017 г.) поставя стратегически и годишни цели за дейността на агенцията, утвърждава стратегически и годишен одитен план на агенцията и осъществява контрол за тяхното изпълнение;
- 4. сключва договори, свързани с осъществяването на дейността на агенцията;
- 5.(изм. - ДВ, бр. 6 от 2012 г., в сила от 01.01.2012 г.) изготвя и представя на министъра на финансите ежегоден доклад за одитната дейност на агенцията;
- 6.(изм. - ДВ, бр. 91 от 2026 г., в сила от 02.10.2026 г.) осъществява взаимодействие със Сметната палата на Република България, с управляващите органи, междинните звена, счетоводния орган и с други институции, органи и организации във връзка с одитната дейност;
- 7.(изм. - ДВ, бр. 40 от 2017 г.) изпраща на Европейската комисия документите и докладите, предвидени в приложимите регламенти;
- 8. предоставя на Европейската Сметна палата, Европейската комисия, ОЛАФ и на други органи на Европейския съюз информация, поискана във връзка с одитната дейност, и оказва съдействие при осъществяване на дейността им в страната;
- 9. осъществява сътрудничество със структурите на Европейския съюз, Европейската Сметна палата, одитиращите органи на страните - членки на Европейския съюз, и трети страни в областта на одита на средства по фондове и програми на Европейския съюз;
- 10.(изм. - ДВ, бр. 49 от 2022 г., в сила от 30.06.2022 г.) представя на компетентните органи по Финансовия механизъм на Европейското икономическо пространство и Норвежкия финансов механизъм информация за резултатите от извършени одити на системите за управление и контрол и одити на проекти;
- 11.(изм. - ДВ, бр. 49 от 2022 г., в сила от 30.06.2022 г.) представя на компетентните органи информация за резултатите от одитната дейност по Механизма за възстановяване и устойчивост;
- 12. разработва и прилага система за осигуряване качеството на одитната дейност и организира вътрешни и външни оценки;
- 13. утвърждава годишен план за обучение на одиторския екип, разпределение на одиторите в екипи за изпълнение на одитните ангажименти и индивидуалните одиторски програми за провеждане на одитните ангажименти;
- 14. осъществява комуникация и координация със структурите на Европейския съюз, Европейската Сметна палата и с други институции, органи и организации в областта на одита на средства по фондове и програми на Европейския съюз;
- 15. поддържа връзки с Европейската комисия по въпросите на методологията и качеството на одитната дейност;
- 16. утвърждава структурата на административните звена, длъжностното разписание на агенцията и длъжностната характеристика на главния секретар;
- 17. утвърждава вътрешните актове, свързани с организацията на работата в агенцията;
- 18. назначава държавните служители в агенцията, изменя и прекратява служебните правоотношения с тях;
- 19. сключва, изменя и прекратява трудовите договори с лицата, работещи по трудово правоотношение в агенцията;
- 20. разрешава отпуските и командирова служителите в агенцията;
- 21. създава съвети като консултативни звена за решаване на проблеми от неговата компетентност;
- 22. създава работни групи за изпълнение на конкретни задачи;
- 23. осъществява и други функции, възложени му със закон или с друг нормативен акт.
(2)(Нова - ДВ, бр. 34 от 2009 г., в сила от 01.01.2009 г.) Изпълнителният директор може да назначава за сметка на агенцията вещи лица по въпроси, които изискват специални знания и опит.
(3)(Предишна ал. 2 - ДВ, бр. 34 от 2009 г., в сила от 01.01.2009 г.) Функциите на изпълнителния директор в негово отсъствие се изпълняват от определен със заповед за всеки конкретен случай висш държавен служител на агенцията.