(1) Агенцията е организирана в обща и специализирана администрация.
(2) Общата численост на персонала в административните звена на Агенцията е 225 щатни бройки, разпределени по структурни звена съгласно приложението. Агенцията е структурирана в една главна дирекция и 7 дирекции.
(3) Общата администрация е организирана в две дирекции:
- 1. дирекция "Администрация, управление и публичност";
- 2. дирекция "Счетоводство и плащания".
(4) Специализираната администрация е организирана в една главна дирекция и 5 дирекции:
- 1. дирекция "Управление на риска, контрол и сигурност";
- 2. дирекция "Програмиране";
- 3. дирекция "Подбор на проекти и договаряне";
- 4. Главна дирекция "Изпълнение на проекти";
- 5. дирекция "Законосъобразност на процедурите и процесуално представителство";
- 6. дирекция "Финансова верификация и планиране".