(1) Агенцията е структурирана в 5 дирекции, инспекторат, служител по сигурността на информацията и по управление при кризи и отбранително-мобилизационна подготовка.
(2) Администрацията на агенцията е обща и специализирана според дейностите, които извършва.
(3) Общата численост на персонала на агенцията е 63 щатни бройки.
(4) Числеността на персонала в отделните организационни структури и административни звена е посочена в приложението.
(5) Към дирекциите председателят може да създава отдели, а при необходимост към отделите - сектори.