(Изм. - ДВ, бр. 30 от 2009 г., изм. - ДВ, бр. 92 от 2011 г., изм. - ДВ, бр. 33 от 2019 г., в сила от 19.04.2019 г.) Специализираната администрация е организирана в 3 дирекции:
- 1. дирекция "Инспекционна дейност";
- 2. дирекция "Анализ и отчет на инспекционната дейност";
- 3. дирекция "Правна".