Специализираната администрация подпомага комисията при осъществяване на правомощията й по ЗЕ и е организирана в следните дирекции:
- 1. дирекция “Правна”;
- 2. дирекция “Икономически анализи и работа с потребителите”;
- 3. дирекция “Електроенергетика”;
- 4. дирекция “Топлоенергетика”;
- 5. дирекция “Газоснабдяване”.